Der Imker entdeckelt die Waben entweder in Handarbeit mit einer Entdeckelungsgabel beziehungsweise mit einem Entdeckelungsmesser oder er benutzt eine vollautomatische Entdeckelungsmaschine.

Nach der Entdeckelung stellt der Imker die Waben in eine Honigschleuder. Es gibt Handgeräte oder elektrisch angetriebene Schleudern in unterschiedlichen Größen.

Nach dem Schleudern enthält der Honig noch feine Wachsteilchen aus den Waben. Um diese und andere gröbere Fremdstoffe zu entfernen, wird der Honig zunächst grob und danach fein gesiebt.

Nach dem Sieben des Honigs wird der Honig meist noch mindestens einen Tag verschlossen gelagert, damit sich Luftblasen, Pollen und feinste Wachsteilchen oben absetzen. Der Imker entfernt den Schaum und kann den Honig anschließend rühren.

Um einen Honig mit einer cremigen Konsistenz zu erhalten, rührt der Imker den Honig meist noch einmal vor der Abfüllung. Beim langsamen Rühren werden grobe Zuckerkristalle zerkleinert und im gesamten Honig gleichmäßig verteilt. Flüssige Honige (z. B. Honigtauhonige, Robinienhonig) mit einem geringen Glukosegehalt müssen meist nicht gerührt werden, da sie nicht so leicht auskristallisieren.

Nach dem Rühren des Honigs füllt der Imker ihn in Lager- oder Verkaufsbehälter. Die Behälter müssen fest verschlossen sein, dunkel und kühl lagern. 15 Grad Celsius ist die optimale Lagertemperatur.