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Forschende unterscheiden zwischen Mikrobiom und Mikrobiota. Mit „Mikrobiota“ ist das mikrobielle Ökosystem an einem bestimmten Ort des Körpers gemeint (z. B. Bakterien
und Pilze auf der Haut, in der Lunge oder im Darm). „Mikrobiom“ dagegen beschreibt das
mikrobielle Ökosystem inklusive seines Genoms als bestimmenden Faktor für die menschliche Gesundheit.